Al parecer, WHMCS necesita usar whois...

Bueno, para que no tengas que apagar SELinux, solo:

su -c 'setsebool -P httpd_can_network_connect on'

Ésto permitirá, a apache, conectarse al puerto 43.

Nota sobre iptables

En Fedora, todas las conexiones iniciadas desde el servidor a cualquier puerto, están permitidas. No hay que agregar ninguna regla.

He visto muchos posts pidiéndote que abras el puerto 43... ésto es ridículo. La gente permite la entrada del puerto y, lo que importa; en este caso, es la salida de puerto; la cual ya está permitida por default.