Siempre que hago alguna página web y necesito sincronizar mis archivos con el server, uso rsync.

Para esto, tengo un script llamando 'sync'; el cual es ejecutable por mí solo (chmod 700) y verifica que utilice permisos de root (su -c).

Si quiero hacer sync a todas mis páginas, solo tengo que pedirle lo siguiente a mi bash:

su -c "find /path/a/mi/directorio/de/desarrollo -iname 'sync' -execdir \{\} \;"

También uso esto para sincronizar mi archivo de porno (con mis scripts de wget; en varias categorías/directorios diferentes). ;)

Con esto, se corren todos mis sync y pongo solo una vez el password de root. ;)