Fácil!
find . -iname '*.mp3' | while read song; do mpg321 "${song}" -w - | oggenc -q 9 -o "${song%.mp3}.ogg" -; done
Sermón:
No debes convertir de un formato lossy a otro formato lossy.
lossy -> lossy = lossier!
Pero, no quiere decir que no se puede ;)
Ahora, con el soporte de los navegadores de OGG (nativo en HTML5!), ya no hay porqué utilizar software privado.
Estoy en el proceso de convertir todos los mp3 de mi banda http://introbella.com/ a ogg. Ya no más mp3! Wákala!